Barnediabetes og Kvalitet ble etablert i 2000 og gjennomfører årlig en undersøkelse på alle barn og ungdom med diabetes i Norge. Årskontrollen består av en standardisert undersøkelse hvor pasientene blir sjekket med WHO definerte kvalitetsindikatorer for god diabetes-behandling. Antall barneavdelinger som deltar i årskontrollene har fra å være en avdeling i 2000 økt til samtlige barneavdelinger i Norge i 2008. Resultatene fra de forskjellige barneavdelingene sammenlignes med hverandre (Benchmarking).

Barnediabetesregisteret har nå overtatt innsamlingen av data ved nyoppdaget diabetes (uansett type) og ved årskontroller. Barnediabetesregisteret har også overtatt ansvaret og driften av de allerede eksisterende databasene og biobankene fra Norsk Diabetesregister og Barnediabetes og Kvalitet.

Barnediabetesregisteret er opprettet av Helse Sør-Øst på anbefaling av Sosial- og helsedirektoratet. Den daglige driften og databehandlingsansvaret er lagt til Barneklinikken, Oslo universitetssykehus, Ullevål. Barnediabetesregisteret er økonomisk finansiert av Helse Sør-Øst.

Barnediabetesregisteret har utgangspunkt i Norsk Studiegruppe for barnediabetes, et nettverk av barneleger som arbeider med diabetes.

Barnediabetesregisteret har et eget styre og egne vedtekter.